ご回答いただき有難うございました。
こちらで使用した点群は1m四方に50～60点ありましたので、TINとテンプレートマッピングとで差が出ない理由はご指摘のとおりだと思います。
ただ、メッシュサイズにより標高値が変わるという問題について、お送りいただいたモデルで試してみました。
J方向の間隔が9mだったので、6m、3mと変更して、参照情報に折れ線1を作成し、横断のCSVをエクスポートしました。その結果のグラフを添付します。
メッシュサイズが粗くなるにしたがって河床部が浅くなるというのはイメージどおりなのですが、TINは各メッシュサイズで変わっているわけではないので、メッシュと折れ線の交点の座標がほぼ同じ点では、9mメッシュでも3mメッシュでもほぼ同じ標高値になると思います。
座標が完全に一致しているわけではないのですが、座標値がずれると粗いメッシュのほうが高い標高値を拾いやすくなるということなのでしょうか・・・。
ここで質問することではないのかもしれませんが、教えていただければ幸いです。よろしくお願いいたします。