iRICの「よくある質問」ページを見たところ、以下の記載がありました。
常射流混在流れは計算するのが難しいのでしょうか？
計算が失敗する理由を知りたいのですが、参考となる文献等がありましたら、ご紹介いただけませんでしょうか。
===記載内容===
計算がすぐ止まる場合（”Non-uniform Flow Calculation didn’t coverge(main)”が表示される）
初期水面形の計算（不等流計算）に失敗しています。常射流混在流れになっていることが原因の可能性があります。初期水面形を等流計算等に変更してください。
コメント
Nays2DHは、time=0sのときに初期水面形の計算を1次元の等流計算・不等流計算等で設定しています。その際、下流側から計算する常流を対象とした不等流計算を行ってますが、常射流混在だと射流の断面が現れた時点で計算が進められません。
計算の向きについては、下記が参考になるでしょうか？
https://i-ric.org/uc/uc_products/practicalHydraulilcs/chapter_2.html
その後、タイムステップが進むごとに平面2次元の計算が進んでいきますが、CIPの差分形式を選択してあれば、常射流混在流れになっても比較的安定して計算できると思います。